• 孙啸
    博士,教授,博士生导师
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    教授简介:

    孙啸,男,博士,教授,博士生导师。1984年毕业于南京工学院计算机科学与工程系,留校工作。1989年于东南大学获得计算机应用专业硕士学位。 1990年开始转向生物电子学方面的研究工作,并于1993年在东南大学获生物电子学专业博士学位。随后一直在东南大学生物科学与医学工程学院工作,其间 于2005年去德国马普分子遗传所访问并开展生物信息学研究工作。

    目前任江苏省生物信息学专业委员会主任,中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员,中国细胞学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事。主要从 事生物信息学研究,目前重点研究高通量DNA测序数据挖掘和微生物基因组信息学分析。承担过多个国家自然科学基金项目、973和863课题,主持研制出 “产电微生物基因组数据库”、“微生物基因组重注释系统”等多个生物信息数据库和软件,获得软件著作权4项。在国内外期刊上发表论文100多篇,出版专著 2部,与他人合作出版专著3部。获得发明专利1项,该专利被国际著名杂志《Nature Biotechnology》转载和介绍。

    主讲过“现代生命科学导论”、“计算机软件基础”“生物信息学基础”、“生物医学工程高新技术”等多门课程。在人才培养方面,致力于工医复合型创新人才的培养。

     

    研究方向:

    高通量DNA测序数据挖掘

    微生物基因组信息学分析

     

    研究成果:

    承担过多个国家自然科学基金项目、973和863课题,主持研制出 “产电微生物基因组数据库”、“微生物基因组重注释系统”等多个生物信息数据库和软件,获得软件著作权4项。在国内外期刊上发表论文100多篇,出版专著 2部,与他人合作出版专著3部。获得发明专利1项,该专利被国际著名杂志《Nature Biotechnology》转载和介绍。

    代表性论文:

    1. Cao CC, Sun X. Accurate estimation of haplotype frequency from pooled sequencing data and cost-effective identification of rare haplotype carriers by overlapping pool sequencing. Bioinformatics. 2015,31(4):515-522.

    2. Xiao K, Shu C, Yan Q, Sun X. Predicting Homogeneous Pilus Structure from Monomeric Data and Sparse Constraints. Biomed Res Int. 2015:817134.

    3. Yu JF, Chen QL, Ren J, Yang YL, Wang JH, Sun X.Analysis of the multi-copied genes and the impact of the redundant protein coding sequences on gene annotation in prokaryotic genomes. J Theor Biol. 2015,376:8–14.

    4. Ding DW, Xu J, Li L, Xie JM, Sun X. Identifying the potential extracellular electron transfer pathways from c-type cytochrome network. Mol Biosyst. 2014,10(12):3138-3146.

    5. Nie Y, Cheng X, Chen J and Sun X.. Nucleosome organization in the vicinity of transcription factor binding sites in the human genome. BMC Genomics. 2014,15(1):493.

    6. Cao CC, Li C, Sun X. Quantitative group testing-based overlapping pool sequencing to identify rare variant carriers. BMC Bioinformatics. 2014,15(1):195.

    7. Huang H, Chen J, Liu H, Sun X. The nucleosome regulates the usage of polyadenylation sites in the human genome. BMC Genomics. 2013, 14(1):912.

    8. Ding X, Cao CC, Sun X. Intrinsic correlation of oligonucleotides: A novel genomic signature for metagenome analysis. J. Theor Biol. 2014, 353:9–18.

    9. Yu J, Guo Z, Sun X, Wang J. A review of the computational methods for identifying the over-annotated genes and missing genes in microbial genomes. Current Bioinformatics, 2014,9(2): 147-154.

    10. Huang Z, Li Q,Jin W, Liao Q, and Sun X. A Novel Method for Detecting Contaminated Sample Based on Illumina Sequencing Data. International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics. 2014, 4(2):116-120.

    11. Gong L, Yan Q, Yang R, and Sun X. Prediction and extraction of microRNAs2target interactions associated with leukemia. Genetics and Molecular Research. 2014. 13(1):2120-2129.

    12. Nie Y, Liu H, Sun X. The patterns of histone modifications in the vicinity of transcription factor binding sites in human lymphoblastoid cell lines. PLoS One. 2013;8(3):e60002.

    13. Cao CC, Li C, Huang Z, Ma X, Sun X. Identifying rare variants with optimal depth of coverage and cost-effective overlapping pool sequencing. Genet Epidemiol. 2013,37(8):820-30.

     

    教授课程:

    生物信息学

    现代生命科学导论

     

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