• 刘宏德
  • 刘宏德

    博士,教授,博士生导师

    025-83795174

    liuhongde@seu.edu.cn

    • 研究方向

      • 高通量测序信息及转录调控分析(标志物和药物靶点)

      • 基于生物医学大数据的网络应用(APP)开发

      • 单细胞测序数据分析


    研究经历与研究成果

    浸会大学、美国贝勒医学院、埃默里大学访问学者。计算机科学和化学双学位本科,生物信息学博士。

    从事癌症、退行性疾病等的生物信息学研究。建立表观基因组信息分析模型6个,包括核小体预测、多细胞类型染色质动态识别、基于ATAC-SeqRNA-Seq的细胞类型鉴别,可用于癌症微环境分析;发现阿尔兹海默症治疗靶点GMPR1;识别癌症共同预后标志基因8个。

    主持国家项目4项,参与7项。以主要作者发表SCI论文~50篇,授权专利3项;学术著作2部。2020年,在单细胞分析、细胞类型识别等方面有较多进展(7SCI论文)。全国电子学会、暴露组学学会会员,20多国际学术刊物审稿专家。


    授课情况

    生物数据分析与实践、化学信息学、生物统计学

    招生信息

    目前招收和培养生物医学工程专业博士和硕士研究生。生源背景包括:生命科学、计算机、数学、生物医学工程等。

    联系电话:025-83795174

    近期代表性论文:

      1. Li H.M., Sharma A., Ming W.L., Sun X., Liu H.D.* (2020) A deconvolution method and its application in analyzing the cellular fractions in Acute Myeloid Leukemia samples, BMC Genomics, 21:652.

      2. Li H.T., Liu Y.J., Yajun Liu1, Liu H.D.* , Sun X.*, (2020) Effect for Human Genomic Variation During the BMP4-Induced Conversion From Pluripotent Stem Cells to Trophoblast, Front Genet, doi: 10.3389/fgene.2020.00230.

      3. Li H.M., Sharma A., Luo k., Qin Z.H., Sun X.*, Liu H.D.*, (2020)DeconPeaker, a deconvolution model to identify cell types based on chromatin accessibility in ATAC-Seq data of mixture samples, Front Genet, doi: 10.3389/fgene.2020.00392.

      4. Liu H.D*, Li H.M., Luo K., Sharma A., Sun X., (2020) Prognostic gene expression signature revealed the involvement of mutational pathways in cancer genome, J Cancer, doi:10.7150/jca.40237.

      5. Liu H.D*, Yiran Cai, (2019) Pervasive Transcription Represses Coding Gene Expression by Closing Their, Nucleosome-Depleted Regions, BioEssays, 41(11):1900159.  

      6. A. Sharma, Liu H.D. (共同第一), F.T.Tosse, A. Noll, T.C. Dakal, H.M. Li, F.G. Holz, K.U. Loeffler, M.C. Herwig‐Carl, (2019)Genome organization in proximity to the BAP1 locus appears to play a pivotal role in a variety of cancers, Cancer Science, doi.org/10.1111/cas.14319.

      7. Liu H.D.*, Luo K., Luo D.H., (2018). Guanosine monophosphate reductase 1 is a potential therapeutic target for Alzheimer’s disease, Scientific reports 8:2759.

      8. Liu H.D.*, Liu L.J., Luo K.L., Xie J.M., Sun X. (2017). An approach of identifying differential nucleosome regions in multiple samples. BMC Genomics. BMC Genomics 18:135.